Ядерный матрикс представлен нерастворимыми белками числом порядка 50. Предполагается наличие единой для внутреннего содержимого ядра сетчатой конструкции (скэффолд). Ее образуют плотно упакованные фибриллы (5-7 нм) с обозначениями согласно зонам их расположения в ядре — перихроматиновые, связанные с ядрышком (см. рис. 2.8). Конструкция связана с поровыми комплексами, плотной пластинкой, хроматином, ядрышком. Ее рассматривают как динамичную каркасную и объединяющую внутриядерные процессы структуру. Во взаимодействии с ядерным матриксом транскрипционные факторы обеспечивают требуемое взаиморасположение промоторных, энхансер-ных или сайленсерных участков транскрибируемых генов (рис. 2.11), происходят транскрипция и процессинг пре-и(м)РНК транскрипта. В генетически активных участках хроматина нуклеосомы связаны с белками матрикса (см. п. 2.4.3.4-б). Такой же контакт демонстрируют активно транскрибируемые и потенциально активные гены рДНК в области ядрышковых организаторов (см. п. 2.4.3.4-в).
Наряду с ядерным матриксом для обозначения внутренней среды ядра используют термин «ядерный сок». Его роль видится в обеспечении условий для функционирования генетического аппарата клетки — наличие предшественников для образования ДНК или РНК и ферментов их синтеза, ферментов молекулярной репарации ДНК или процессинга пре-и(м)РНК транскриптов. В нем находятся «транзитные» компоненты, следующие после проникновения внутрь ядра к ДНК хромосом или же в обратном направлении к ядерной оболочке и далее в цитоплазму.