Жгутиконосцы передвигаются с помощью длинных жгутиков, прикрепленных к поверхности клетки. Каждый жгутик отходит от небольшого образования, называемого кинетосомой, которая локализуется в эктоплазме и контролирует движение жгутика. Полагают, что кинетосомы аналогичны центриолям, регулирующим образование митотических веретен у высших организмов. Жгутик состоит из центрального тяжа — аксонемы, окруженной чехлом, который является продолжением клеточной мембраны; аксонему составляют расположенные кольцом 9 периферических фибрилл, окружающих 2 центральные фибриллы. По своему строению эти фибриллы аналогичны таковым ресничек и жгутиков, обнаруживаемых во всем царстве животных, а также у некоторых бактерий, например спирохет.
Передвижение некоторых жгутиконосцев обеспечивается также ундулирующей мембраной, которая состоит из жгутика, расположенного параллельно поверхности клетки у свободного края складки, образованной клеточной мембраной. Эти простейшие передвигаются также благодаря изменениям формы клетки, вызванным сокращениями их пелликулярных фибрилл. Жгутиконосцы — паразиты человека, которые подразделяются на имеющих и не имеющих кинетопласт, представляющий собой сложную органеллу, образующуюся из модифицированной митохондрии.