Моногенных заболеваний в настоящее время описано несколько тысяч и они чрезвычайно разнообразны по фенотипическим проявлениям, поэтому классификация их возможна по определенным критериям, используемым врачами различных специальностей при работе с моногенными болезнями.
Любая классификация — искусственный помощник для оперирования с объективно существующими явлениями (в частности, нозологиями). Поэтому каждая из них не лишена недостатков, но используется для удобства работы специалистов.
Врачам-генетикам удобно положить в основу классификации моногенных болезней тип наследования, который при информативной родословной позволяет сузить диагностический поиск в каталогах и атласах наследственных болезней в два при аутосомных или почти в 10 раз при сцепленных с полом синдромах, рассчитать величину генетического риска, определить генетический прогноз в семье. Недостатком является большая частота спорадических случаев наследственных болезней и невозможность определить тип наследования, а также разные типы наследования (и, соответственно, разные генные дефекты) при сходных фенотипах.
Врачам-клиницистам удобна так называемая клиническая классификация, т.е. по преимущественному поражению какого-либо органа или системы. Например, моногенные болезни нервно-мышечной системы, опорно-двигательного аппарата, зубо-челюстной области, сердечно-сосудистой системы, желудочно-кишечного тракта, глаз, онкологические, гематологические, психические, иммунные, эндокринопатии, патология слуха и др. Недостатком является полисистемность и полиорганность большинства моногенных синдромов, а также преимущественные поражения разных органов в рамках одной нозологии. Как правило, генетические справочники для врачей-клиницистов, построенные по этому принципу, не ставят своей целью помочь в проведении медико-генетической консультации, но ориентируют врача в медико-генетической составляющей проблемы, позволяют воспользоваться консультациями врачей смежных специальностей, в том числе врачей-генетиков, помогают в диагностике, назначении адекватной терапии, определении прогноза течения заболевания, проведении профилактических мероприятий в семьях.
Для врачей биохимиков-генетиков удобна «биохимическая» классификация, которая в первую очередь делит все моногенные болезни на две неравные группы заболеваний: с выявленным и невыявленным первичным биохимическим дефектом. Несмотря на все успехи современной биохимической генетики, заболеваний с невыявленным биохимическим дефектом во много раз больше, чем заболеваний с выявленным биохимическим дефектом. В зависимости от первичного биохимического дефекта все наследственные болезни обмена (НБО) веществ можно делить на нарушения обмена белков (структурных, транспортных, каналов и рецепторов, иммунной защиты и т.д.), жиров, углеводов, аминокислот, ферментов, минералов, витаминов, пигментов, пуринов-пиримидинов, гормонов и т.д. Известно, что все виды обменов в организме взаимосвязаны, поэтому можно говорить лишь о преимущественном нарушении какого-либо обмена, т.е. с чего начинать биохимические исследования данного моногенного заболевания, изучение патогенетических механизмов. Недостатком классификации является тот факт, что множество обменных нарушений сходны между собой по фенотипическим проявлениям, но имеют разные ферментативные дефекты. Наличие таких заболеваний связано как с функционированием различных ферментов в одной и той же цепи биохимических превращений субстрата, так и с участием одного и того же фермента в нескольких биохимических реакциях.
Патогенетическая классификация моногенных болезней подразделяет их на группы в зависимости от основного патогенетического звена: нарушение обмена веществ, нарушение морфогенеза, комбинация этих компонентов.