Рассмотрение эволюционного процесса обнаруживает общность происхождения внутренностей. У одноклеточных организмов функции обмена веществ и размножения сосредоточены в одной клетке, у
многоклеточных они распределяются между группами клеток. По мере эволюции формировались отдельные системы, обеспечивающие ту или иную функцию. Например, у кишечнополостных выделяется пищеварительная система, плоские черви имеют пищеварительную и выделительную системы. У кольчатых червей образовались наружные жабры, являющиеся зачатками дыхательной системы. У позвоночных в результате эволюции сформировались все 4 системы органов, каждая из которых выполняет определенную функцию.
Таким образом, в процессе филогенеза происходило последовательное образование 4 систем органов, при этом у человека сохранились черты генетического родства в строении органов. Так, дыхательная система, развивающаяся путем выроста из вентральной стенки переднего отдела кишечной трубки, сохраняет анатомическую связь с пищеварительной системой: ротовой отдел глотки служит для проведения и воздуха, и пищи. Мочевая и половая системы имеют значительную общность развития. В постнатальном периоде органы, относящиеся к этим системам, настолько тесно связаны между собой анатомически и функционально, что можно говорить о едином мочеполовом аппарате.
На 3-4-й неделе эмбрионального развития, еще до формирования тела эмбриона, образуется первичная кишка, состоящая из двух слоев: внутреннего — энтодермы, и наружного — висцеральной мезодермы. По мере отграничения тела эмбриона от внезародышевой части зародышевых листков происходит формирование 3 отделов первичной кишки: передней, средней и задней кишки. Первичная кишка слепо заканчивается в головном и каудальном концах эмбриона.
У 4-5-недельных эмбрионов на поверхности тела в области головы и в каудальной части тела появляются две ямки, которые постепенно углубляются до встречи со слепыми концами первичной кишки, а затем прорываются, образуя ротовое и клоачное отверстия кишки. Клоака разделяется в дальнейшем на анальное и мочеполовое отверстия.
К концу 1-го месяца передняя кишка кзади от глотки заметно суживается, образуя зачаток пищевода. Каудальнее пищевода определяется расширение пищеварительной трубки, указывающее на начало формирования желудка. Средняя и задняя кишки преобразуются в кишечник. В этот же период позади желудка из средней кишки появляются выросты — зачатки поджелудочной железы и печени.
На 3-4-й неделе развития посредине дна глотки появляется зачаток трахеи. У 6-недельных эмбрионов каудальный конец трахеи интенсивно растет и раздваивается, образуя зачатки легких — бронхолегочную почку.
На 4-й неделе развития в мезодерме определяется закладка мочеполового аппарата. Эмбриогенез его, протекающий более независимо от преобразований кишечной трубки, описан ниже. Следует отметить, что каудальные отделы мочеполового аппарата в процессе развития получают анатомическую связь с клоакой. Мочевыводные протоки первичных почек растут по направлению к клоаке и открываются в ее передний отдел — мочеполовой синус (sinus urogenitalis). В это время в стенке задней кишки, которая в дальнейшем преобразуется в толстую кишку, возникает выпячивание, образующее аллантоис (allantois) — внезародышевый орган, обеспечивающий дыхание и обмен веществ эмбриона. Начальная часть растущего аллантоиса, расширяясь, формирует мочевой пузырь, а идущий к пупку стебелек аллантоиса постепенно редуцируется и превращается в мочевой проток (urachus), облитерированный к моменту рождения. Из мезонефрального протока развиваются почечная лоханка, мочеточник и выводные протоки мужских половых желез. Из парамезонефрального протока у женщин развиваются маточные трубы, матка, влагалище.
Указанные процессы развития определяют анатомическую близость мочевой и половой систем и объединение их концевых отделов.
На сравнительно ранних стадиях развития несегментированная часть мезодермы на каждой стороне тела разделяется на 2 слоя: висцеральный — висцеральную мезодерму, идущую на образование внутренностей, и париетальный — соматическую мезодерму, прилегающую к внутренней поверхности стенки тела. Между указанными слоями мезодермы формируется вторичная полость тела — целoм (coeloma). В дальнейшем (в 3-5 нед) первоначально сплошной целом разделяется на несколько отделов, которые в дальнейшем преобразуются в перикардиальную, плевральные и брюшинную полости.