Варианты и аномалии развития костей черепа встречаются довольно часто.
Лобная кость примерно в 10\% случаев состоит из двух частей, между ними сохраняется лобный (метопический) шов. Величина и форма лобной пазухи варьируют, очень редко она отсутствует.
Клиновидная кость иногда состоит из несращенных передней и задней половин тела. В центре турецкого седла может быть узкий так называемый черепно-глоточный канал. Овальное и остистое отверстия иногда сливаются в одно общее отверстие, остистое отверстие может отсутствовать.
Затылочная кость может состоять из затылочной чешуи, целиком или частично отделенной поперечным швом от остальной части затылочной кости. В результате образуется треугольной формы межтеменная кость. Встречается ассимиляция атланта, т. е. полное или частичное слияние затылочных мыщелков с I шейным позвонком. Изредка встречается третий затылочный мыщелок, расположенный у переднего края большого затылочного отверстия. Он сочленяется с передней дугой I шейного позвонка посредством дополнительного сустава. В швах вокруг затылочной кости нередко имеются добавочные кости черепа — кости швов (ossa suturalia). Иногда наружный затылочный выступ достигает значительных размеров.
Решетчатая кость имеет очень вариабельные по форме и размерам ячейки. Нередко встречается четвертая — наивысшая носовая раковина (concha nasalis suprema).
Теменная кость может состоять из верхней и нижней половин.
Височная кость может иметь яремную вырезку, разделенную на две части межъяремным отростком. Иногда яремное отверстие двойное из-за полного разделения на две части. Шиловидный отросток височной кости может отсутствовать или бывает очень длинным, может достигать подъязычной кости в случае окостенения шило-подъязычной связки.
Верхнечелюстная кость имеет различные по числу и форме зубные альвеолы. Нередко встречается непарная резцовая кость, присущая млекопитающим. На нижней поверхности костного нёба по средней линии иногда образуется валик. Весьма варьируют по величине и форме резцовый канал и пазуха верхнечелюстной кости.
Тяжелым пороком развития верхней челюсти является расщепление твердого нёба — «волчья пасть» из-за несращения нёбных отростков верхнечелюстных костей и горизонтальных пластинок нёбных костей.
Скуловая кость может быть разделена горизонтальным швом на две половины.
Носовая кость иногда варьирует по форме и по величине, обе могут срастись в одну общую носовую кость. Она может вообще отсутствовать, замещаясь лобным отростком верхнечелюстной кости.
Слезная кость иногда отсутствует, ее место занимает более широкий лобный отросток верхнечелюстной кости или глазничная пластинка решетчатой кости. Форма и размеры слезной кости вариабельны.
Сошник может быть изогнут вправо или влево.
Нижняя носовая раковина или ее отростки часто варьируют по форме или величине.
Нижняя челюсть. Угол между телом кости и ее ветвью может быть различным, половины нижней челюсти иногда асимметричны. Возможно удвоение отверстия нижней челюсти и подбородочного отверстия.
Подъязычная кость. Ее рога могут иметь различную величину.