Эта система представлена скоплениями лимфоцитов в слизистых оболочках пищеварительного тракта, бронхов, мочеполовых путей, выводных протоков молочных и слюнных желез. Лимфоциты могут формировать одиночные или групповые лимфоидные узелки (миндалины, червеобразный отросток, групповые (агрегированные) лимфоидные узелки, или пейеровы бляшки, кишки). Лимфоидные узелки осуществляют локальную иммунную защиту названных органов.
Общими для всех этих участков являются расположение лимфоцитов в рыхлой волокнистой соединительной ткани оболочек, покрытых эпителием, синтез антител, относящихся к IgA, в образовании которых участвуют как стимулированные антигенами В-лимфоциты и их потомки, плазматические клетки, так и эпителиоциты оболочек, вырабатывающие секреторный компонент IgA. Сборка молекулы иммуноглобулина происходит в слизи на поверхности эпителиоцитов, где они обеспечивают местную антибактериальную и противовирусную защиту. Располагающиеся в узелках Т-лимфоциты осуществляют реакции клеточного иммунитета и регулируют деятельность В-лимфоцитов.