В последние десятилетия стала известна гипотеза, в соответствии с которой большинство изменений, наблюдаемых в популяциях,
обусловлено мутациями, которые не оказывают влияния на приспособление организмов и заключаются в случайных заменах оснований. Скорости замен оснований в ДНК (аминокислот в белках) могут быть постоянными, так как преобладающее число таких замен селективно нейтрально. При одинаковой способности альтернативных аллелей придавать одинаковую приспособленность организмам изменение частот этих аллелей в поколениях организмов может происходить лишь в результате дрейфа генов. Следовательно, скорость замены аллелей в популяциях и скорость происходящих отсюда замен ами- нокислот будет постоянной.
По гипотезе нейтральности молекулярной эволюции большинство мутаций любых генов вредно для организмов и мутанты элиминируются с помощью естественного отбора. Однако могут возникать мутации, которые не изменяют ни морфологических, ни функциональных признаков, в результате чего организмы — носители таких мутаций не подвержены естественному отбору. Следовательно, эволюция на молекулярном уровне в основном заключается в замене одних нейтральных генных аллелей другими, но такими же нейтральными аллелями. Сторонники гипотезы нейтральности эволюции на молекулярном уровне считают, что она не противоречит дарвинизму.
Многие эволюционисты придают большое значение генамрегуляторам. Предполагают, что мутации регуляторных генов очень важны для адаптивной эволюции, однако данные в пользу этого предположения еще незначительны.