Спинной мозг. У спинного мозга иногда отсутствует перекрест пирамид. В 11\% случаев — с обеих сторон и в 14 \% — с одной стороны отсутствуют передний корково-спинномозговой путь. Число сегментов спинного
мозга колеблется в пределах 30-32 за счет уменьшения или увеличения поясничных и крестцовых сегментов. Центральный канал спинного мозга местами может быть заращен, размеры терминального желудочка (Краузе) значительно различаются. Изредка некоторые передние и задние корешки спинномозговых нервов, находящиеся в составе «конского хвоста», соединяются с соседними корешками. Спинномозговые узлы 5-й пары крестцовых нервов часто находятся в мешке, образованном твердой мозговой оболочкой, а не вне его. Узлы крестцовых спинномозговых нервов часто значительно смещены вверх.
Головной мозг. Наблюдается множество вариаций числа, формы и размеров борозд и извилин коры полушарий большого мозга. В лобной доле могут отсутствовать верхняя лобная борозда (1\%), нижняя лобная (16\%), предцентральная (6\%). Межтеменная борозда отсутствует в 2\% случаев, постцентральная — в 25\%, нижняя височная борозда — в 43\% случаев. Многие борозды коры полушарий большого мозга раздваиваются. Латеральная борозда раздваивается в задней своей части в 40\% случаев, разделяется на 3-4 части в 6\% случаев. Верхняя и нижняя лобные борозды в 13\% случаев соединяются в одну борозду. На нижней поверхности лобной доли иногда определяется надглазничная поперечная борозда. Постцентральная борозда иногда сливается с межтеменной бороздой, задней частью латеральной борозды (в 31\% случаев). В 56\% случаев над поясной бороздой проходит одноименная параллельная ей борозда. В 40\% случаев имеется дополнительная дуговая борозда предклинья. Верхняя затылочная борозда бывает раздвоена (в 55\% случаев) или утроена (в 12\% случаев) — в виде двух-трех поперечных борозд. Средняя височная борозда иногда замещена несколькими радиальными или расходящимися бороздами.
Иногда в обонятельном тракте имеется продольный канал. Редко между областью расхождения ножек свода и валиком мозолистого тела есть небольшая уплощенная четырехугольная и закрытая снизу щель (треугольная щель). Основание этой щели обращено кпереди.
Размеры и форма таламуса изменчивы, редко наблюдается два межталамических сращения. Различны и размеры сосцевидных тел. Конфигурация, взаимоотношения гипоталамических эдер, их размеры изменчивы. Глубина межножковой ямки, количество отверстий у заднего продырявленного вещества могут быть различными. Наблюдаются вариации протяженности и размеров черного вещества и красного ядра. Глубина базилярной борозды моста может быть различная.
Форма моста, толщина средних ножек мозжечка индивидуально изменчивы. Наблюдается одностороннее или двустороннее отсутствие мозговых полосок, косой или латеральный их ход на поверхности продолговатого мозга. Количество извилин у мозжечка составляет от 127 до 244. Латеральнее передней поверхности нижнего отдела червя может наблюдаться маленькая добавочная долька — пирамидка. Описаны дополнительные клочки у мозжечка, фиксированные к червю самостоятельными ручками.
Возможны другие вариации строения различных отделов головного мозга. Описаны тяжелые пороки развития мозга: отсутствие его (агенезия мозга) или большей его части, разное уменьшение его размеров до 600-700 г (микроцефалия). Возможно недоразвитие отдельных участков коры, мозолистого тела, мозжечка. Описаны различные формы недоразвития передней спайки мозга, перекреста зрительных нервов, зрительных трактов, шишковидного тела, ядер черепных нервов.